D’une superficie totale de 42 215 km², le territoire estonien est divisé en trois régions géographiques. Le nord, dans lequel se trouve la capitale Tallin, possède un sol calcaire et peu fertile. Plus agricole, le sud compte pour ville principale Tartu. Les autres villes principales sont Narva, Kohtla-Järve et Pärnu. L’ouest du pays est composé de centaines d'îles, dont les plus grandes sont Saaremaa et Hiiumaa.

L'organisation administrative du territoire est répartie en quinze départements (Harjumaa Hiiumaa, Ida-Virumaa, Järvamaa, Jõgevamaa, Läänemaa, Lääne-Virumaa Põlvamaa, Pärnumaa, Raplamaa, Saaremaa, Tartumaa, Valgamaa, Viljandimaa Võrumaa), deux cent deux municipalités rurales, trente-neuf villes et huit villes sans statut municipal.