Compte tenu des limites des voies de communication dans les PECO, les points stratégiques du commerce en Europe centrale et orientale se situent en Allemagne et en Autriche, comme par exemple à Leipzig ou à Vienne. Divers programmes européens tels que Phare sont cependant engagés pour la restructuration du transport et des infrastructures dans les PECO. Les « Corridors de Crête », déterminés à titre indicatif lors de la Conférence paneuropéenne des transports de 1994, puis ceux d’Helsinki en 1997 en dessinent les principales directions probables.

De manière croissante, le transport de marchandises dans les PECO tend à s’effectuer par route, que ce soit pour les échanges intra-zones ou pour les échanges avec l’Europe de l’ouest [2]. Si ce mode de transport reste plus rapide et plus fiable que le rail, il ne s’est pas aussi nettement imposé qu’en Europe de l’ouest. Il subit notamment de lourds contingentements, fixés par la Commission Européenne des Transports afin de limiter le dumping des transporteurs des PECO par rapport aux transporteurs d’Europe occidentale. Par exemple, un nombre minime d’autorisations sont accordées aux transporteurs polonais pour les trajets entre la France et la Pologne [3], ce qui oblige à recourir aux transporteurs français, dont les services coûtent environ 30 % plus cher. De même, les autorisations pour la Bulgarie étant épuisées, les transports doivent s’effectuer par d’autres moyens, par exemple par navettes ferroviaires depuis l’Autriche.

La part du chemin de fer dans le transport de marchandises tend à diminuer, mais elle est reste importante, notamment en Roumanie et en Slovaquie où elle devance la route. Bien que minoritaire par rapport aux autres modes de transport, le transport fluvial est plus répandu qu’en Europe de l’ouest. C’est également le cas du transport maritime, qui constitue même le premier mode de transport des marchandises en Slovénie et en Croatie. Le fret aérien est encore peu développé, mais il connaît un essor sous l’impulsion des compagnies aériennes British Airways et Lufthansa, mais également d’opérateurs locaux tels que Lot et Aeroflot. Enfin, face à la saturation des voies terrestres et ferroviaires, le transport combiné devrait en théorie permettre une utilisation optimale des infrastructures disponibles, mais il est en pratique trop cher et encore rare.

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[2] Selon l’institut néerlandais NEA, 101 millions de tonnes de marchandises ont été transportées entre l'Europe de l'est et l'Europe de l'ouest en 2002. Ce nombre devrait s’élever à 175 millions avant 2005, avec la part du routier passant de 37 % à 62 %.

[3] Les contingentements sont notamment liés à des équipements anti-pollution, que les entreprises d’Europe centrale et orientale possèdent rarement.