En 1989, le Parlement moldave reconnaît le moldave comme langue officielle. le Front populaire moldave est créé et le drapeau moldave est reconnu, de même que la souveraineté moldave, le 23 juin 1990. Le 27 Août 1991, la Moldavie proclame son indépendance. Elle se rattache à la CEI et l’ONU. Mircea Snegur, ex-secrétaire à l’agriculture de parti communiste moldave est élu Président.

Les minorités russo-ukrainiennes de Transnistrie et les peuples turcs de Gagaouzie proclament en 1992 leur propre indépendance. Le pouvoir en place ne peut contenir ces mouvements et une sécession est réalisée de facto. En mars 1994, une majorité de la population moldave se prononce en faveur du maintien d’une Moldavie indépendante incluant la Transnistrie. Le parlement moldave accorde en 1995 aux Gagaouzes un statut d’autonomie leur permettant d’avoir leurs propres emblèmes, une assemblée législative et des organes exécutifs spécifiques.

En marge de ces difficultés politiques, la Moldavie a échoué dans sa transition vers l'économie de marché. Le pays a été frappé par l'hyper-inflation en 1993, laquelle s'est progressivement résorbée à la suite de l’introduction de la monnaie nationale, en novembre 1993.