Le rétablissement de l'indépendance a lieu le 20 août 1991. Dans le mois qui suit, elle est reconnue par l’URSS et l’Estonie est admise au sein de l’ONU. En 1992, l'Estonie adopte la couronne comme monnaie nationale en 1992, une nouvelle constitution est approuvée par référendum une nouvelle constitution et Lennart Meri est élu président de la République.
Le pays rentre en 1993 dans le Conseil de l'Europe.

Le départ des dernières troupes russes a lieu en 1994, ce qui marque la rupture définitive avec l’ex-URSS. En 1995, l'Estonie dépose sa demande d'adhésion à l'Union européenne et un accord entre l’Union Européenne et l’Estonie entre en vigueur en 1998. La population vote à 66,9 % en faveur de l’adhésion de leur pays à l’Union Européenne. Le 1er janvier 2004, l’Estonie rentre dans l’Union Européenne.