L'Estonie est une destination traditionnellement attractive pour les touristes. Avec la découverte de la valeur thérapeutique de la boue de mer de la côte ouest en Estonie en 1825, les centres touristiques de santé se sont répandus au 19ème siècle à Haapsalu, Pärnu, dans l’île de Saaremaa et dans le nord de Narva-Jõesuu. Les centres touristiques sont devenues populaires auprès de l'aristocratie russe et des Allemands de la Baltique. En 1940, tous les organismes de tourisme et liens maritimes avec la Suède et la Finlande ont été fermés par le régime soviétique et le pays a été fermé au tourisme étranger. Ce n'est qu'au milieu des années 1950 que les restrictions ont commencé à être levées. Dans les années 1970 et 1980, Tallin était parmi les cinq destinations les plus visitées par des étrangers dans l’Union Soviétique. Pourtant, les touristes étrangers n'étaient autorisés qu'à rester une nuit à Tallin et à visiter quelques autres villes dans la journée et ils étaient surveillés par un fonctionnaire du gouvernement durant les excursions. La "regatta" olympique des années 1980 accueillie par Tallin a provoqué des remises à niveau d'infrastructure à grande échelle, ce qui a contribué à une augmentation du tourisme. En 1989, les liens aériens et maritimes entre Tallin et Stockholm ont été restaurés. Le nombre de touristes internationaux à destination de l’Estonie est passé d’environ 1,3 millions en 1993 à 3,38 millions en 2003. Le secteur emploie près de 10 % de la population active.

Les touristes proviennent essentiellement de Finlande, Suède, Russie, Allemagne, Royaume-Uni. Norvège, Italie et Pologne. Beaucoup de Finlandais viennent à Tallin pour passer la soirée, mais ils peuvent également venir en journée pour faire du shopping. Les Britanniques et les scandinaves sont plutôt orientés vers le tourisme urbain, les Allemands et les Russes préfèrent visiter des sites touristiques naturels, tandis que les Lettons sont adeptes des activités en extérieur et de la pratique de sports.

Tallin est l’un des ports de croisière les plus visités d’Europe. Arrivant en majorité de Saint-Petersburg, les visiteurs sont essentiellement américains, britanniques et allemands. Situés à l’ouest et au nord du pays, les centres de remise en forme et les Spas sont principalement occupés par des étrangers. Ils constituent environ le quart des nuitées des étrangers en Estonie.

Les estoniens voyagent également dans leur pays. Ils apprécient notamment le calme et la beauté de la nautre au sud-ouest du pays.