De même que les autres Républiques soviétiques, l’Estonie a été fortement affectée par des pénuries dans l’approvisionnement des biens, notamment au cours des années 1980. La nourriture était rationnée et l’accès aux biens exigeait des délais d’attente importants ou bien des devises étrangères, lorsque les consommateurs avaient les moyens de s’approvisionner dans les magasins pour touristes.

Le secteur de la grande distribution a été l’un des premiers à être privatisé et modernisé. Faisant suite à l’ouverture de milliers de petits commerces, dont la plupart ont très rapidement cessé leur activité, plusieurs chaînes furent créées au milieu des années 1990, telles que celle du pionnier local ETK. Mais le secteur s’est surtout structuré autour de l’arrivée d’investisseurs étrangers comme le finlandais Kesko. Désormais, les agglomérations de grandes villes telles que Tallinmais également Tartu, Narva, Kohtla-Järve et Pärnu comptent des hypermarchés. Il existait, selon un rapport de la Mission économique de Tallinde 2004, environ quatre mille cinq cent points de vente dans le pays, dont deux mille sept cent magasins de produits alimentaires.

D’après l’Institut Estonien des Statistiques, le secteur de la grande distribution contribue environ à 13 % du PIB national. Les circuits de distribution se composent des grands magasins, de discounters, de magasins de proximité, des marchés et de grandes et moyennes surfaces. Ces derniers tendent à se substituer aux magasins spécialisés et aux marchés en plein air et ils réalisent près de la moitié des ventes du pays de produits agro-alimentaire au détail. Dans les années 1990, un des plus grands marchés en plein air d’Estonie, le marché de Kadaka, qui était devenu un lieu d’achat très prisé des touristes finlandais, a été graduellement transformé en un centre commercial et le marché en plein air a été fermé. Ces marchés restent toutefois appréciés, car ils se caractérisent par des prix assez bas, notamment pour la vente de vêtements, de disques, de videos et de logiciels. Ces marchés posent des problèmes de droit, en particulier pour les contrefaçons.

Le marché de la grande distribution est dominé à égalité avec 20 % de part de marché par le finlandais Kesko et sa cinquantaine de magasins et ses cinq hypermarchés Säästumarket et Citymarket, et par le distributeur estonien ETK, lequel possède une centaine de magasins dont quatre hypermarchés, sous les marques Maksimarket, Konsum, Edu et Astri. Les autres acteurs importants sont le Finlandais SOK et sa chaîne d’hypermarchés à succès Prisma ainsi que la chaîne estonienne d’hypermarchés et de supermarchés Kaubamaja/Selver. L’Allemand Lidl et le Lituanien VP Market, qui viennent de rentrer sur ce marché de plus en plus concurrentiel, vont à court terme constituer une menace sérieuse pour les leaders actuels finlandais et estoniens.

L’approvisionnement des chaînes de distribution en produits alimentaires est réalisé par les producteurs locaux, les importateurs-grossistes ou par les chaînes elles–mêmes. Pour les produits importés, les grandes chaînes ont leurs propres services d’importation et réalisent la majorité de leurs importations par elles-mêmes. On constate aussi la création de nombreuses marques de distributeurs à l’intérieur de ce marché fortement concurrentiel.