En 168, les Romains conquièrent le territoire de l’actuelle Bosnie-herzégovine, qui est intégré à la province de l’Illyrie. Après l’effondrement de l’Empire Romain, les Goths et les Byzantins ont successivement reigné sur la région.

Lorsque la Croatie est intégrée à la Hongrie en 1102, l'essentiel de la Bosnie connaît le même sort. A la fin du XIVe siècle, le ban (chef) bosniaque Tvrtko Kotomanic, couronné roi de Serbie et de Bosnie en 1377, recule les limites territoriales du banat de Bosnie jusqu'en Croatie et en Dalmatie.

La puissance de l’Etat de Bosnie décline après la mort de Tvrtko. Les Ottomans s'emparent de la Bosnie en 1463 et de l'Herzégovine en 1482, ces deux territoires devenant pour quatre siècles des provinces de l’Empire ottoman.

Des révoltes paysannes ont lieu en Herzégovine en 1875, bientôt imitée par la Bosnie et par la Bulgarie. Ceci provoque l’entrée en guerre de la Serbie et du Monténégro, appuyés par la Russie. Le congrès de Berlin (1878) place la Bosnie-Herzégovine sous l’administration de l’Autriche-Hongrie, mais elle reste sous la suzeraineté du sultan ottoman.

A cette époque, la population de la Bosnie-Herzégovine est composée de Croates catholiques romains, de Serbes orthodoxes et de Musulmans, essentiellement des Slaves convertis à l’Islam pendant l’occupation ottomane. Des tensions ethniques et les revendications nationalistes sont difficilement contrôlées par l’autorité austro-hongroise.

Le 28 juin 1914, François Ferdinand, l’héritier au trône d’Autriche-Hongrie, et son épouse sont assassinés à Sarajevo par Garrilo Princip, un jeune nationaliste serbe, ce qui déclenche la Première Guerre mondiale. A la fin de la guerre, l’empire d’Autriche-Hongrie est disloqué et la Bosnie-Herzégovine est rattachée à la nouvelle Yougoslavie.

Pendant la Seconde Guerre mondiale les puissances des pays de l’Axe envahissent et démantèlent la Yougoslavie. La Bosnie devient une province intégrée à l’Etat fasciste, puis, en 1945, elle devient une des six républiques constitution est devenu la république socialiste fédérative de Yougoslavie, aux côtés de la Macédoine, du Monténégro, de la Croatie, de la Serbie et de la Slovénie.